在处理货主对扣运费提出的质疑时，以下是一种既专业又友好的回复方式：
尊敬的货主，
您好！非常感谢您对我们服务的关注。我们非常重视您的反馈，并承诺为您提供透明、公正的服务。为了更好地理解您的疑虑，请您提供具体的运费扣除明细，这样我们能够详细核查每项费用的构成。
一旦我们核实了相关信息，我将立即向您解释扣除运费的具体原因。我们的目标是确保每一笔费用都合理且准确，并在此基础上与您保持良好的沟通。
请您放心，我们致力于维护良好的客户关系，并愿意听取您的意见，共同改进我们的服务。期待您的回复，并祝您一切顺利！
诚挚地， [您的姓名] [您的职位] [物流公司名称]
这种回复方式展现了专业性和对客户反馈的重视，同时也提供了明确的后续行动步骤，增强了货主的信任感。